منہاج ایجوکیشن سوسائٹی کے تعلیمی اداروں کا قیام، انتظام و انصرام، منصوبہ بندی تشکیل نصاب، درسی کتب کی تیاری، نظام امتحانات اور تربیت اساتذہ کے مختلف پروگراموں
کو چلانے کے لئے مرکزی سطح پر چھ شعبے کام کر رہے ہیں۔ تمام شعبے براہ راست مینیجنگ ڈائریکٹر MES کی نگرانی کام کررہے ہیں۔